Tại tòa phúc thẩm, 34 bị cáo kháng cáo có mặt tại tòa. Có 10 bị cáo bổ sung nội dung kháng cáo, xin được hưởng án treo. Các bị cáo còn lại giữ nguyên nội dung kháng cáo.

Trong đó, bị cáo Nguyễn Thanh Phong (cựu Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm Bộ Y tế) và Trần Việt Nga (cựu Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm) kháng cáo xin giảm nhẹ trách nhiệm hình sự. Các bị cáo còn lại kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt, xin hưởng án treo.

Chủ tọa cũng công bố việc các bị cáo xuất trình thêm các tình tiết mới như bị cáo Nguyễn Thanh Phong nộp thêm các bằng khen, giấy khen trong công tác, Huân chương lao động hạng 3; bị cáo tham gia các hoạt động từ thiện xã hội, cứu người trong tình huống khẩn cấp. Bị cáo còn được nhiều đơn vị, tập thể lớp học, bạn bè có đơn đề nghị tòa giảm nhẹ hình phạt…

Trình bày tại tòa, bị cáo Nguyễn Thanh Phong cho biết bị cáo đã khắc phục toàn bộ hậu quả trước khi phiên tòa sơ thẩm; ngoài ra, bị cáo tự nguyện sung quỹ nhà nước để khắc phục cho bị cáo khác là 70 triệu đồng.

Đối với bị cáo Trần Việt Nga, bị cáo đã nộp tại cấp phúc thẩm là hơn 1,9 tỷ đồng; bị cáo cung cấp thêm các tài liệu mới có nhiều thành tích, khen thưởng trong công tác; tham gia nhiều hoạt động thiện nguyện…

Tương tự, các bị cáo khác cũng xuất trình các tình tiết mới như được Bộ Y tế, Cục An toàn thực phẩm có đơn đề nghị áp dụng chính sách khoan hồng với các bị cáo để tòa phúc thẩm xem xét.

Theo bản án sơ thẩm, trong giai đoạn từ năm 2018- 2025, lợi dụng các quy định của pháp luật, một số lãnh đạo, chuyên viên, cán bộ thuộc Cục An toàn thực phẩm (Bộ Y tế) cùng một số cá nhân, doanh nghiệp đã thực hiện hành vi đưa, nhận hối lộ để thẩm định, cấp Giấy tiếp nhận đăng ký bản công bố sản phẩm; Giấy xác nhận nội dung quảng cáo; thẩm định, hậu kiểm cấp Giấy chứng nhận GMP.

Từ tháng 8/2018, sau khi được bị cáo Nguyễn Thanh Phong phân công ký cấp Giấy xác nhận, bị cáo Trần Việt Nga đã chỉ đạo cấp dưới thực hiện cơ chế thu tiền, yêu cầu các chuyên viên Phòng Giám sát và Truyền thông chuyển ít nhất 2 triệu đồng đối với mỗi hồ sơ.

Từ đó, các chuyên viên yêu cầu cá nhân, doanh nghiệp khi nộp hồ sơ xác nhận nội dung quảng cáo phải chi tiền, với mức trung bình từ 4–9 triệu đồng mỗi hồ sơ.

Ngoài ra, một số tổ chức, cá nhân làm dịch vụ đăng ký bản công bố sản phẩm và xác nhận nội dung quảng cáo đã thỏa thuận, thống nhất đưa tiền cho chuyên viên và lãnh đạo Cục An toàn thực phẩm để được hỗ trợ, tạo điều kiện hướng dẫn, hoàn thiện hồ sơ, không bị yêu cầu sửa đổi, bổ sung nhiều lần.

Trong vụ án này, bị cáo Nguyễn Thanh Phong phải chịu trách nhiệm với số tiền nhận hối lộ là hơn 94,8 tỷ đồng; hưởng lợi hơn 43,9 tỷ đồng với vai trò lãnh đạo. Còn bị cáo Nguyễn Hùng Long chịu trách nhiệm số tiền nhận hối lộ là hơn 22,5 tỷ đồng; hưởng lợi hơn 8,6 tỷ đồng; bị cáo Trần Việt Nga chịu trách nhiệm với số tiền nhận hối lộ là hơn 12,7 tỷ đồng…