Theo quyết định của UBND TP. Hồ Chí Minh, phương án tuyến và vị trí tuyến đường sắt Bến Thành - Cần Giờ (metro Bến Thành - Cần Giờ)  có tổng chiều dài khoảng 53,8km, đi qua các phường Bến Thành, Khánh Hội, Xóm Chiếu, Tân Thuận, Tân Mỹ và các xã Nhà Bè, Bình Khánh, An Thới Đông, Cần Giờ.

Theo phương án được phê duyệt, hướng tuyến bắt đầu từ khu vực chợ Bến Thành, đi theo hướng đông nam dọc đường Ký Con, vượt qua rạch Bến Nghé và sang đường Vĩnh Khánh. Tuyến tiếp tục cắt qua đường Hoàng Diệu, sau đó đi vào trục đường Nguyễn Tất Thành.

Khi đến khu vực gần cầu Tân Thuận 2, tuyến chuyển hướng đông nam, đi theo đường Nguyễn Văn Linh, qua nút giao với đường lên cầu Phú Mỹ và đi vào đường Nguyễn Lương Bằng. Tuyến được bố trí đi giữa trục đường Nguyễn Lương Bằng, đường 15B và đường D1, đến khu vực cầu vượt sông Rạch Đĩa để sang địa bàn xã Nhà Bè.

Sau khi qua sông Rạch Đĩa, tuyến tiếp tục chuyển hướng đông nam, đi qua khu tái định cư Vạn Phát Hưng, khu dân cư Phú Xuân và vượt sông Soài Rạp để sang xã Bình Khánh.

Tại địa bàn xã Bình Khánh, tuyến tiếp tục chuyển hướng đông, đi song song với tuyến cao tốc Bến Lức - Long Thành. Sau đó tuyến vượt qua cao tốc này tại Km18+800 và đi vào hành lang đường Rừng Sác.

Tuyến tiếp tục đi theo trục đường Rừng Sác, vượt qua đường Trần Quang Nhơn để sang xã An Thới Đông, sau đó tiếp tục bám theo đường Rừng Sác, vượt qua sông An Nghĩa và Rạch Đôn. Đến khu vực cầu Dần Xây, tuyến chuyển hướng đông nam, vượt qua sông Lôi Giang và sông Dinh Bà.

Khi đi qua địa bàn xã Cần Giờ, tuyến cơ bản bám theo đường Rừng Sác đến điểm cuối tuyến tại nút giao với đường Duyên Hải, sau đó tiếp tục kéo dài đến vị trí cuối tuyến tại khu đất 39 ha. Hướng tuyến được lựa chọn đi qua vùng đệm của Khu dự trữ sinh quyển Cần Giờ, không đi vào vùng lõi.

Dự án dự kiến bố trí 2 ga trong giai đoạn 1 gồm ga Bến Thành và ga Cần Giờ. Ngoài ra, dự kiến bố trí 1 depot đặt tại xã Cần Giờ và 1 trung tâm điều hành OCC (Operations Control Center) cũng đặt tại khu vực xã Cần Giờ.

UBND TP. Hồ Chí Minh giao Công ty cổ phần Đầu tư và Phát triển đường sắt cao tốc Vinspeed tổ chức lựa chọn phương án kiến trúc đối với các công trình nhà ga, cầu đường sắt, các hạng mục công trình liên quan của dự án (thuộc đối tượng phải thi tuyển kiến trúc theo quy định của Luật Kiến trúc).

Phương án kiến trúc sau đó sẽ được chuyển đến Sở Quy hoạch - Kiến trúc để chủ trì, phối hợp với các cơ quan, đơn vị liên quan báo cáo và tham mưu UBND Thành phố cùng các cấp thẩm quyền xem xét, cho ý kiến; nhằm bảo đảm các yêu cầu về lịch sử, văn hóa, thẩm mỹ đối với công trình và khu vực lân cận.

Bên cạnh đó, Ban Quản lý đường sắt đô thị và Sở Nông nghiệp và Môi trường phối hợp với nhà đầu tư rà soát, đánh giá khả năng thu hồi đất theo phạm vi ranh giới dự án; Sở Xây dựng được giao tham mưu trình danh mục quy chuẩn, tiêu chuẩn áp dụng cho dự án. 

Song song với tuyến đường sắt, UBND TP. Hồ Chí Minh cũng giao Sở Xây dựng tham mưu để trình HĐND Thành phố xem xét, quyết định chủ trương đầu tư dự án mở rộng đường Nguyễn Tất Thành theo quy mô quy hoạch. Dự án triển khai đồng thời với thời gian thực hiện dự án đường sắt Bến Thành - Cần Giờ nhằm bảo đảm tính đồng bộ trong đầu tư hạ tầng.

Thành phố yêu cầu nghiên cứu giải pháp tổ chức xây dựng đồng bộ giữa dự án đường sắt và các công trình dọc tuyến, bảo đảm tính khả thi, hiệu quả và phù hợp tiến độ triển khai tổng thể.

Thành phố cũng giao các địa phương có dự án đi qua phối hợp với nhà đầu tư tiếp tục theo dõi chặt chẽ ý kiến của các cá nhân, đơn vị liên quan có ảnh hưởng bởi dự án và kịp thời giải quyết các đề xuất, kiến nghị theo quy định. Trong trường hợp có vướng mắc vượt thẩm quyền kịp thời báo cáo UBND TP. Hồ Chí Minh xem xét chỉ đạo.