Một trong những nội dung đáng chú ý trong góp ý của Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) đối với Dự thảo Nghị định quy định chi tiết một số điều và biện pháp tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế là các quy định liên quan đến kê khai, nộp thuế và cơ chế khấu trừ thuế trong hoạt động hợp tác kinh doanh và nền tảng số.

Thứ nhất, đối với quy định về kê khai, nộp thuế trong trường hợp tổ chức hợp tác kinh doanh với cá nhân, Dự thảo tại Điểm b Khoản 2 Điều 22 yêu cầu tổ chức phải kê khai thuế giá trị gia tăng trên toàn bộ doanh thu của hoạt động hợp tác, không phân biệt hình thức phân chia kết quả, đồng thời thực hiện khai thay, nộp thay thuế thu nhập cá nhân cho cá nhân hợp tác.

Theo đánh giá của VCCI, quy định này tuy hướng đến mục tiêu đơn giản hóa quản lý nhưng chưa phản ánh đúng bản chất kinh tế của giao dịch, cũng như chưa phù hợp với thực tiễn vận hành của nhiều mô hình kinh doanh hiện nay, từ đó có thể tạo ra những bất cập cho các bên liên quan.

Bất cập này được thể hiện rõ qua mô hình dịch vụ gọi xe công nghệ. Trong thực tế, doanh nghiệp nền tảng và tài xế thường phân chia doanh thu theo tỷ lệ thỏa thuận.

Tuy nhiên, theo cách tính trong dự thảo, doanh nghiệp vẫn phải nộp thuế giá trị gia tăng ở mức  10% trên toàn bộ doanh thu chuyến xe, dù chỉ thực nhận một phần nhỏ trong tổng doanh thu.

Điều này khiến doanh nghiệp phải gánh nghĩa vụ thuế vượt quá phần doanh thu thực nhận, trong khi không có đầy đủ hóa đơn đầu vào từ phía tài xế để khấu trừ chi phí hợp lệ, VCCI cho biết.

Về phía người lái xe, việc áp dụng mức thuế giá trị gia tăng tương tự doanh nghiệp cũng không phù hợp với đặc thù của cá nhân kinh doanh, vốn thường thuộc diện miễn thuế hoặc áp dụng mức thuế theo tỷ lệ thấp hơn.

Thứ hai, liên quan đến trách nhiệm của nền tảng số trong việc khấu trừ và nộp thuế thay cho hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh.

Cụ thể, Điều 43 và 44 Dự thảo quy định chủ nền tảng thương mại điện tử có trách nhiệm khấu trừ thuế dựa trên tỷ lệ phần trăm tính trên doanh thu phát sinh tại Việt Nam và các quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp và thuế thu nhập cá nhân.  Đồng thời bãi bỏ quy định tại Nghị định 117/2025/NĐ-CP.

Tuy nhiên, theo phản ánh từ cộng đồng doanh nghiệp, việc chỉ quy định mang tính nguyên tắc như trên trong khi bãi bỏ Nghị định 117/2025/NĐ-CP là chưa hợp lý bởi lẽ thuế mà các nền tảng số khấu trừ từ hộ và cá nhân kinh doanh là hình thức thu tại nguồn và mang tính tạm thời.

Từ những vướng mắc nêu trên, VCCI kiến nghị cơ quan soạn thảo điều chỉnh dựa trên hai phương án.

Một là bổ sung quy định cụ thể tại Dự thảo này về tỷ lệ phần trăm trên doanh thu để căn cứ xác định số thuế khấu trừ theo hướng tương tự cách tiếp cận đã được quy định trước đây.

Theo đó, đối với thuế giá trị gia tăng, mức áp dụng có thể là 1% đối với hàng hóa, 5% đối với dịch vụ và 3% đối với vận tải hoặc dịch vụ gắn với hàng hóa.

Đối với thuế thu nhập cá nhân, cá nhân cư trú có thể áp dụng mức 0,5% đối với hàng hóa, 2% đối với dịch vụ và 1,5% đối với vận tải hoặc dịch vụ liên quan đến hàng hóa; trong khi cá nhân không cư trú lần lượt áp dụng mức 1%, 5% và 2%.

Hai là trong trường hợp cần thêm thời gian để hoàn thiện các quy định của pháp luật thuế chuyên ngành, cần xem xét duy trì hiệu lực của Nghị định số 117/2025/NĐ-CP cho đến khi có quy định thay thế đầy đủ. Việc này nhằm tránh phát sinh khoảng trống pháp lý và bảo đảm tính liên tục trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế của các chủ thể liên quan,  VCCI cho biết.